我们有两个孩子，孩子就不愿意和他爸爸在一起

您可以依法争取抚养权，需证明您的抚养条件更利于孩子成长。依据《民法典》，法院会按最有利于子女的原则判决，八周岁以上孩子意愿也会被考虑。不及时处理可能导致孩子身心健康受影响，甚至影响亲子关系。
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争取抚养权常见方式有协议和诉讼。先尝试与对方协议，不成则向法院提起诉讼，并提交您抚养条件更优的证据。选择时需考虑孩子意愿、自身条件及法律依据。
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争取抚养权需依法进行。对于不满两周岁的孩子，通常母亲抚养。两周岁以上，需证明自己抚养更优。八周岁以上，要尊重孩子意愿。具体操作：收集证据，如经济条件、生活环境等；与对方协商，不成则起诉；准备庭审，阐述抚养优势及法律依据。